Re: Advice for offline image analysis computer

Posted by Jean-Yves Tinevez on
URL: http://confocal-microscopy-list.275.s1.nabble.com/Advice-for-offline-image-analysis-computer-tp1109084p1109138.html

> Dear listers,
>
> I have to buy a new computer for our team that will be used as for offline
> image analysis. The software required (ImageJ, Metamorph, Matlab) require
> to
> build a Windows/Vista machine. The cost would be around $5,000 / 5000€.
> The
> job would be processing (a lot) and rendering. My questions are :
> - Should I go for a "traditionnal" computer, I mean a 32-bits, dual core,
> XP
> computer with maxed RAM (I guess it is 3GB or so) ? Is it usefull to go to
> more fancy stuff like 64 bits, 4 or 8 core, 8 to 16GB RAM machine ? Would
> ImageJ/Metamorph/Matlab really benefit from it (I would love to have an
> answer from the Metamorph/Matlab people) ?
> - What about graphic cards and GPU ? What is the best choice ? I've heard
> about new strategies to speed up processing by making the GPU churn data
> as
> well as graphics, but I don't think it is really commercially available
> now
> or implemented in commercial software yet.
>

Salut Christophe, je te fais une reponse off-liste histoire de causer
frenchie. Le software que je connais le mieux est Matlab, voila ce que je
peux t'en dire.


Sous windows, le support par Matlab des architectures 64 bits est pour
tres bientot (soit la fin de l'annee soit debut 2009 au pire). Il y a
beaucoup de benefices a y trouver:
- Matlab bosse presque uniquement avec des nombres 'double' qui prennent
64 bits. Avec une architecture 64 bit, chaque operation sur eux prend un
tic et non pas deux comme maintenant.
- Matlab est tres gourmand en memoire (il la gere assez mal), avec un
system 64 bit tu peux te payer 16Go de RAM.
- Certaines operations de Matlab prennent avantages du multi coeur
nativement (multiplication de matrices etc...), mais autrement et pour la
grande majorite de ce qui va t'interesser, un simple coeur suffit. Aller
au dela de 4 coeurs est inutile dans ton cas je pense.
- Il existe des version d'ImageJ qui travaille en 64bit. Dans mon groupe
un type bosse dessus (va voir sur la page notre projet
http://pacific.mpi-cbg.de/wiki/index.php/Main_Page, c'est encore le
bordel, ne t'attend a rien de magique). C'est tres utile, parce que la
aussi on a vite fait de bouffer toute la memoire.


Je sais que Imaris et Volocity utilisent les GPU a fond, et en dependent
meme pour la visualisation 3D/4D (acceleration materielle et tout et
tout). Pour Matlab et Metamorph (ce dernier etant quand meme bien en
retard..) j'en doute.

J'espere que c'est utile
A bientot
jy




--
Jean-Yves Tinevez, PhD
Image Processing Facility head
Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics
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Germany
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